Обгрунтовано необхідність вдосконалення фінансового механізму державного управління науково-освітньою сферою, що повинно супроводжуватись розвитком інноваційної інфраструктури. Ідентифіковані фактори, які негативно впливають на функціонування фінансового механізму державного управління інноваційним розвитком освіти та науки в Україні і напрями їх нейтралізації. Запропоновано систему вдосконалення фінансового механізму державного управління інноваційним розвитком освіти та науки в Україні. Для оптимізації позабюджетного фінансування до системи освіти та науки пропонується адаптувати досвід створення ендаумент-фондів як інструменту додаткового фінансування системи освіти, який можна формувати з коштів приватних фондів, фінансових коштів бізнесу, пожертвувань випускників, плати студентів за навчання, доходів від комерційної діяльності закладів освіти та науки.