The aim of the present study was identifying of molecular and genetic changes in hemaglutinin (HA), neuraminidase (NA) and non-structure protein (NS1) genes of pandemic influenza A(H1N1)pdm09 strains, that circulated in Ukraine during 2015-2016 epidemicseason. Samples (nasopharyngeal swabs from patients) were analyzed using real-time polymerase chain reaction (RTPCR). Phylogenetic trees were constructed using MEGA 7 software. 3D structures were constructed in Chimera 1.11.2rc software. Viruses were collected in 2015-2016 season fell into genetic group 6B and in two emerging subgroups, 6B.1 and 6B.2 by gene of HA and NA. Subgroups 6B.1 and 6B.2 are defined by the following amino acid substitutions. In the NS1 protein were identified new amino acid substitutions D2E, N48S, and E125D in 2015-2016 epidemic season. Specific changes were observed in HA protein antigenic sites, but viruses saved similarity to vaccine strain. NS1 protein acquired substitution associated with increased virulence of the influenza virus.
Метою дослідження було виявити молекулярно-генетичні зміни в генах гемаглютиніну (НА), нейрамінідази (NA) та неструктурного білку (NS1) пандемічних вірусів грипу, що циркулювали в Україні в 2015-2016 роках. Зразки були проаналізовані метод&ом полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) в реальному часі. Філогенетичні дерева будували в програмі MEGA 7. 3D структури будували в програмі Chimera 1.11.2rc. Віруси, виділені в Україні в сезоні 2015-2016 років, належать до генетичної групи 6В, в які&й в цьому сезоні виникли дві нові підгрупи 6В.1 та 6В.2, за генами HA та NA. Ці підгрупи визначаються специфічними для них амінокислотними заміщеннями. В білку NS1 були виявлені нові амінокислотні заміщення D2E, N48S та E125D в сезоні 2015-2016 років&. В антигенних сайтах НА були виявлені специфічні заміни, проте віруси зберегли подібність до вакцинного штаму. Білок NS1 набув заміщення, пов"язане з підвищенням вірулентності вірусу грипу.
Целью исследования было определение молекулярно-генетическ&их изменений в генах гемаглютинина (НА), нейраминидазы (NA) и неструктурного белка (NS1) пандемических вирусов гриппа, которые циркулировали в Украине в 2015-2016 годах. Образцы были проанализированы методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальн&ом времени. Филогенетические деревья построили в программе MEGA 7. 3D структуры построили в программе Chimera 1.11.2rc. Вирусы выделенные в Украине в сезоне 2015-2016 годов, принадлежат к генетической группе 6В, в которой в этом сезоне возникли две н&овые подгруппы 6В.1 и 6В.2, по генам HA и NA. Эти подгруппы определяются специфическими для них аминокислотными замещениями. В белке NS1 были обнаружены новые аминокислотные замещения D2E, N48S и E125D в сезоне 2015-2016 годов. В антигенных сайтах НА& были обнаружены специфические замещения, но вирусы сохранили подобие к вакцинному штаму. Белок NS1 приобрел замещение, связанное с повышением вирулентности вируса гриппа.
