In current work, we proceeded with the strain attribution of Ukrainian isolates CMV based on the phylogenetic analysis of the partial sequences of the coat protein gene. Methods. ELISA, RT-PCR, DNA sequencing and phylogenetic analysis. Results. Cucumbermosaic virus (CMV) is widespread among the variety of crops from the Cucurbitaceae and Solanaceae families in Ukraine. The symptomatic samples from different regions of Ukraine were collected and tested for the presence of CMV. The coat protein (CP) gene of two isolates was amplifi ed and sequenced. The partial nucleotide sequences of CP gene were determined and compared to those of other CMV strains belonging to the IA, IB and II subgroups. Comparison of the nucleotide sequences of Ukrainian isolates showed their similar identity percentages and close relationships with the subgroup IB strains from other countries. The highest nucleotide homology was shared with the strains ABI (Korea) and SD (China). Conclusions. Based on the highest identities of the coat protein gene sequences and close phylogenetic relationships with the subgroup IB members of CMV, the Ukrainian isolates under study were identifi ed as belonging to the subgroup IB. Our fi ndings show for the fi rst time an occurrence of the I&B subgroup isolates of CMV in Ukraine.
Мета. Встановлення штамової приналежності українських ізо лятів вірусу огіркової мозаїки (ВОМ) на основі філогенетично го аналізу фрагмента послідовності гена капсидного білка. Ме реакція зі зворотною транскри&пцією (ЗТ-ПЛР), сиквенування ДНК та філогенетичний аналіз. Результати. ВОМ є широко розповсюдженим патогеном сільськогосподарських культур в Україні. Були відібрані й проаналізовані зразки рослин з вірусо подібними симптомами представників родин Cucu&rbitaceae і Solanaceae. Виходячи з результатів візуальної та серологічної діагностики, два зразки Lycopersicon esculentum і Cucurbita pepo з Полтавської області були обрані для подальших молекуляр них досліджень. Були ампліфіковані й сиквеновані част&кові по слідовності гена капсидного білка. Отримані послідовності кДНК гена капсидного білка цих ізолятів порівняли з опубліко ваними в Генбанку послідовностями штамів ВОМ різних під груп. Найбільша гомологія українських ізолятів продемонстро вана зі& штамами ВОМ підгрупи ІВ. Найбільш спорідненими до українських ізолятів виявилися штам АВІ з Кореї та штам SD з Китаю. Висновки. Спираючись на результати філогенетичного аналізу, можна стверджувати, що де тек товані українські ізоляти вірусу огірково&ї мозаїки належать до групи ІВ. Наші результати є першим по відомленням про наявність ізолятів ВОМ підгрупи ІВ на території України.
Цель. Установить штаммовую принадлежности украинских изолятов вируса мозаики огурца (ВМО) на основании филоге нетич&ного анализа частичной последовательности гена капсид ного белка. Методы. Иммуноферментный анализ (ИФА), поли меразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), секвенирование ДНК и филогенетический анализ. Результаты. ВМО широко распространё&н в Украине среди сельскохозяйс твенных культур. Были отобраны и проанализированы образцы растений с вирусоподобными симптомами семейств Cucurbitaceae и Solanaceae. На основе визуальной и серологической диагностики два образца Lycopersicon esculentum& и Cucurbita pepo из Полтавской области были избраны для дальнейших мо лекулярных исследований. Были амплифицированы и секвени рованы частичные последовательности гена капсидного белка. Проведено сравнение полученных последовательностей кДНК гена кап&сидного белка этих изолятов с опубликованными в Ген банке последовательностями штам мов ВМО различных под групп. Наибольшая гомология украинских изолятов проде монстрирована с представителями подгруппы ІВ. Наиболее родственными к украинским изолятам &показаны штаммы АВІ (Корея) и SD (Китай). Выводы. Исходя из результатов филоге нетического анализа, украинские изоляты ВОМ принадлежат к подгруппе ІВ. Результаты этой работы являются первым свиде тельством присутствия изолятов подгруппы ІВ ВМО на тер&
