В статье представлена организация научно-исследовательской практики в магистратуре, рассмотрены этапы практики и соответствующие им виды работы и формы текущего контроля, осуществляемые на кафедре методики преподавания биологии, химии и естествознания Педагогического института ЮФУ. Рассмотрены принципы построения программы научно-исследовательской практики на основе компетентностного подхода, представлены условия формирования профессиональных компетенций студентов-биологов.