В статье освещены проблемы, с которыми столкнулись вузы при разработке и реализации основных образовательных программ бакалавриата и магистратуры в части применения новых методологических категорий (компетенция, результаты обучения, модуль образовательной программы, зачетная единица). Обсуждаются возможности использования методологических принципов европейского образования (результаты проекта TUNING) для решения выявленных проблем.