13 грудня 2012 року міністр освіти й науки, молоді і спорту України Дмитро Табачник на підставі розпорядження Кабміну від 28.11.12 № 983–р "Про оптимізацію мережі державних наукових установ" підписав наказ №1415 "Про припинення Науково–дослідного інституту "Кримська астрофізична обсерваторія". Згідно з цим документом, КрАО ліквідовують як самостійну наукову установу шляхом реорганізації (приєднання) її до Київського національного університету імені Т. Г. Шевченка як відокремленого структурного підрозділу.
Кримські астрономи направили вищому керівництву країни своє звернення з проханням не допустити руйнацію наукової установи. Підпорядкування НДІ "КрАО" Київському Національному університету йде врозріз із рекомендацією Верховної Ради України і з рішенням трудового колективу інституту. Ми вважаємо, що зберегти Кримську астрофізичну обсерваторію як сучасну наукову установу, здатну вирішувати надзвичайно широке коло актуальних астрофізичних і астрометричних завдань, можливо тільки з перепідпорядкуванням "КрАО" Національній академії наук України. 19 жовтня 2012 відбулися загальні збори, на яких трудовий колектив висловився на користь переходу НДІ "КрАО" з усіма підрозділами та інфраструктурою у підпорядкування Національній академії наук України. Пре&зидія НАН України підтримала пропозицію загальних зборів трудового колективу НДІ "КрАО". Колектив інституту сподівається, що влада України врахує думку колективу, інтереси науки і не допустить знищення кращої астрофізичної обсерваторії країни».