Родился Рудольф II 17 июля 1552 г. Вене в семье императора Максимилиана II Габсбурга и Марии Испанской, дочери императора Карла V. Это был брак кузенов - событие отнюдь не редкое в Средние века и Новое время. Мина замедленного действия, предопределившаясудьбу Рудольфа, если можно так сказать, была заложена в генетике. Его прабабушка - Хуана ла Лока (Безумная) - была душевнобольной.