В статье рассматривается разработанный программный комплекс анализа качественных характеристик инновационного проекта с помощью разработанной нейро-нечеткой модели, обеспечивающей получение эффективного решения для слабо-структурируемых задач. Предложенподход реализации структуры системы на основе процессной организации, приведена реализация модуля для наиболее известного алгоритма нечеткого вывода Мамдани. Разработана система критериев для оценки эффективности инновационного проекта. Проведен анализ скорости и качества обучения системы.