Выстроен понятийный аппарат с целью обеспечения объективности в толковании сущности, функций, взаимосвязи национальной, региональной и внутривузовской инновационных систем. Определено место и роль вуза в системе хозяйствующих субъектов экономики после принятия Федерального закона от 2 августа 2009 г. № 217, а также обозначены возникшие в связи с этим проблемы, от решения которых зависит практическая результативность инновационных процессов в вузе. Предложен вариант формирования инновационной системы вуза.