Заповідна територія НПП "Подільські Товтри" характеризується значною екологоценотичною репрезентативністю лучно-степової рослинності. Виявлено 7 рідкісних асоціацій класу Festuco-Brometea, у складі яких зустрічається 12 червонокнижних видів. Основні причини скорочення площ під їх ценозами мають антропогенний характер.