Як самостійний структурний підрозділ Інститут управління державної охорони України веде свій літопис із 1992 року, коли у складі відділу кадрів Управління державної охорони України було створено відділення, а згодом, у 1999 році - відділ професійної підготовки. У 2006 році професійна підготовка виходить на новий рівень - у структурі УДО України створено Навчально-науковий центр, який через рік реорганізовано у Навчальний центр УДО України. У 2009 році Навчальний центр увійшов до складу Департаменту роботи з особовим складом.
