Писавшие проект чиновники Минобрнауки наделили ФАНО широчайшими полномочиями, причем не только по управлению имуществом академических институтов, но и по оценке научного потенциала НИИ, организации исследований и контролю за результатами. Агентство получило также право принятия решений о ликвидации, слиянии и реорганизации научных учреждений.